Um problema que merece destaque, já mencionado anteriormente, é o abate clandestino de animais, muito comum especialmente em municípios de pequeno porte. Para o enfrentamento dessa situação é necessária uma forte articulação com os órgãos de agricultura dos níveis Federal, Estadual, Municipal e Distrito Federal. É sabido que a maioria dos municípios não dispõe de condições adequadas para o abate de animais, o que pode acarretar sérios problemas de saúde pública. Além dos riscos da transmissão de doenças infecto-parasitárias, não se pode deixar de mencionar outros riscos relacionados ao uso indiscriminado de anabolizantes, hormônios e antibióticos (BRASIL, 2011).
Atualmente a área de vigilância sanitária de alimentos é a que se encontra mais descentralizada para o conjunto de municípios do país. Grande parte dos serviços de vigilância sanitária dos municípios desenvolve as ações voltadas para o controle sanitário de alimentos: mantém atualizado seu cadastro de estabelecimentos, executa as inspeções nos estabelecimentos que importam, distribuem e comercializam alimentos, participa de programas de monitoramento dos produtos, coletando amostras para análise, e desenvolve ações educativas voltadas, sobretudo, aos manipuladores de alimentos.
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